แหล่งน้ำของโรงไฟฟ้ามี 2 แห่ง ได้แก่น
อ่างเก็บน้ำอำปึล ของกรมชลประทาน ขนาดความจุ 27 ล้านลูกบาศก์เมตร (ลบ.ม.) จากสถิติปี
2540-2544 ปริมาณน้ำที่น้อยที่สุดของอ่างเก็บน้ำอำปึลคือ 5 ล้านลบ.ม. เมื่อเดือนสิงหาคม
2541 และมากที่สุดราว 25-30 ล้านลบ.ม. ในเกือบทุกปี


บ่อเก็บน้ำดิบภายในโรงไฟฟ้า เก็บน้ำได้ 200,000-300,000 ลบ.ม.
โรงไฟฟ้าใช้น้ำประมาณวันละ 1,500 ลบ.ม. หรือเท่ากับ 45,000 ลบ.ม. ในแต่ละเดือน
ซึ่งน้อยกว่าร้อยละ 1 ของปริมาณน้ำต่ำสุดของอ่างเก็บน้ำอำปึล (5-17 ล้านลบ.ม. ในช่วงหน้าร้อน)
น้ำที่ใช้ในโรงไฟฟ้าส่วนมากจะเป็นการใช้หมุนเวียนภายในระบบผลิต แต่จะต้องเติมน้ำใหม่
เข้าไปเป็นระยะๆ แทนที่น้ำที่ระเหยออกไปและน้ำที่มีแร่ธาตุเจือปน เพื่อไม่ทำให้ระบบอุดตัน

น้ำท้งวันละ 430 ลบ.ม. มาจาก น้ำหล่อเย็น น้ำทิ้งจากหม้อไอน้ำ น้ำทิ้งจากเครื่องกรองน้ำ
และจากการใช้ภายในโรงงาน จะผ่านมายังโรงบำบัดน้ำ เพื่อปรับสภาพความเป็นกรด-ด่าง
และทำให้สารแขวนลอยตกตะกอน
หลังการน้ำทิ้งทั้งหมดผ่านการบำบัดเรียบร้อยแล้ว จะนำมาพักไว้ในบ่อพักน้ำขนาด
1,000 ลบ.ม. เป็นเวลา 2 วัน จึงจะนำมารดน้ำต้นไม้ บริเวณพื้นที่สีเขียว ในโรงไฟฟ้า โดยไม่มีการปล่อยน้ำทิ้ง ออกนอกโรงไฟฟ้า
มีสภาพเป็นกลาง ไม่เป็นกรดหรือด่าง ไม่มีโลหะหนักเจือปน ไม่มีสีและกลิ่น
โดยทางโรงไฟฟ้าจะตรวจวัดคุณภาพน้ำอย่างสม่ำเสมอ